可再生能源配額制與可交易綠色證書機制配套的具體做法是：政府在電力生產和銷售中強制要求可再生能源發電在電力供應中必須達到的一定比例，并對相應的責任主體（電力生產商、電力零售商等）形成配額，即一定時期內必須完成的一定量的可再生能源電力生產或電量消費，否則將面臨處罰。同時，政府對責任主體所完成可再生能源電力生產或電量消費進行核準，并頒發相應的綠色證書，以此憑證來與配額相匹配，未能完成配額的責任主體可以購買超額完成配額的責任主體的多余的綠色證書，來彌補其應盡的配額責任。可再生能源配額制和可交易綠色證書機制的結合，可以彌補政府對可再生能源發展補貼政策的缺陷。
首先，政府通過配額制明確了可再生能源的發展目標，并將該目標分解到相關責任方，同時以市場化綠色證書交易機制和嚴厲的處罰措施作為保障，能夠保證實現既定的發展目標。可再生能源發展配額目標的確定非常重要，因為如果目標過低，綠色證書供給就會過多，其價格也會偏低，出售綠色證書的所得不足以補償清潔電力的生產，這就難以鼓勵清潔電力的生產。反之，如果目標過高，綠色證書供給就會偏少，其價格可能偏高，甚至超過不達標罰款，供應商寧可承受罰款，也不買綠色證書。
其次，綠色證書的價格，代表了可再生能源高于常規能源發電成本的差額，通過交易可以實現這種成本差額在整個電力行業的均攤，扭轉可再生能源發電的成本劣勢，提高可再生能源的市場競爭力。
再次，綠色證書的價格也反映了可再生能源的環境效益，綠色證書的購買者對環境的污染（包括溫室氣體排放）給社會帶來了更多的負外部性，必須為此付出相應的代價，而綠色證書交易實現了這種負外部性的內在化。
最后，綠色證書的價格由市場競爭形成，可以不受政府干預，能夠及時反映可再生能源發電成本的變化，更有效地支持可再生能源產業的發展。正是由于可交易綠色證書機制具備以上優越性，所以它正迅速取代傳統的補貼政策，成為發達國家新能源和可再生能源發展的重要政策工具。
通常說的綠色電價機制，其長期目標就是建立配額制和綠色證書交易體系，將政府政策支持和市場機制調節有效結合。根據目前我國的可再生能源發展現狀，推行可再生能源配額制度的時機應該成熟了，并進一步將其與可交易綠色證書機制配套，隨著電力體制改革進程的深入，促使可再生能源逐步在經濟性上參與電力市場競爭。
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